СТРУКТУРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ 24-МЕРНОГО ФРАГМЕНТА ДНК – УЧАСТКА СВЯЗЫВАНИЯ С ФЕРМЕНТОМ ТОПОИЗОМЕРА ЗА II: АНАЛИЗ МЕТОДАМИ МОЛЕКУЛЯРНОЙ МЕХАНИКИ

Abstract

Представлены результаты расчетов пространственной структуры дезоксиолигонуклеотидного двухспирального дуплекса 5’-d(GGTCATGAATGACTATGCACGTAA), выполненных методами молекулярной механики. Проведен анализ конформационных параметров исследуемого дуплекса. Из всех полученных расчетных структур для исследуемой 24- мерной нуклеотидной последовательности, построенных при явном моделировании водно-ионного окружения, выявлены структуры, параметры которых наиболее отвечают регулярной дуплексной форме олигомера. Конформационные характеристики рассчитанных структур находятся в хорошем согласии с экспериментальными данными, полученным на основании рентгеноструктурногоанализа и ЯМР-эксперимента.