СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ШПИЛЕЧНЫХ ФОРМ ГЕПТАНУКЛЕОТИДОВ d(GCGAAGC) И r(GCGAAGC) МЕТОДАМИ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ДИНАМИКИ

Abstract

Шпилечные формы гептануклеотидов d(GCGAAGC) и r(GCGAAGC) исследованы методами молекулярной динамики в водно-солевом растворе при температуре 298 К. Моделирование проведено во временном диапазоне до 2 нс. Вычислены пространственные структуры шпилек, конформационные параметры, выявлены факторы стабильности шпилечных форм олигонуклеотидов. Определены вклады различных типов атомных взаимодействий в общую устойчивость шпилек. Рассчитаны гидратация и подвижность элементов шпилечных структур.